质谱分子互作：从共价结合到亲和筛选的"多面手"

质谱不止于"称分子量"

质谱技术自 19 世纪末问世以来，早已不是实验室里一台只会"称分子量"的仪器。凭借对离子质荷比（m/z）的精确测量，质谱在生物医药研发中承担着从药物发现、药代动力学到蛋白质组学、代谢组学等一系列关键任务。而爱思益普依托 Thermo Fisher 旗下 Q Exactive™ Plus 高分辨质谱系统搭建的分子互作平台，则把质谱的能力聚焦到了一个更精专的方向——直接看清"分子与分子之间发生了什么"。

传统上，分子互作检测多依赖 SPR、ITC、MST 这类基于物理信号的方案，它们擅长给出亲和力与热力学参数。但质谱走的是另一条路径：它直接"看见"分子本身。当一个小分子与靶蛋白发生共价结合，质谱能精确读出蛋白质量数上那一点点变化；当数千个化合物混合在一起，质谱能从复杂的溶液里把"真正结合"的那一个挑出来。这种"看得见"的确定性，正是质谱分子互作难以被替代的价值。

Intact-MS：看清共价结合的"完整真相"

质谱分子互作平台的两大支柱之一，是完整蛋白质谱法（Intact-MS）。它的独特之处在于无需酶解、无需碎片化——样品保持天然结构，直接进入高分辨质谱进行分析。通过测量完整蛋白或蛋白复合物的分子量，Intact-MS 能够同时回答多个问题：蛋白分子是否完整、有没有结构异质性、翻译后修饰（PTMs）长什么样，以及关键的——有没有小分子共价结合上去。

这套方法对共价抑制剂的开发尤其重要。共价药物（如针对 KRAS G12C 的抑制剂）能否"真正打上靶"，取决于它与靶蛋白形成共价键的速率。平台能够量化共价结合、确认结合位点，并测定二阶速率常数 Kinact/Ki，这是评价不可逆抑制剂效力核心的指标。爱思益普已开发了覆盖 KRAS G12C、EGFR、WRN、p53-Y220C、STAT5B、BTK、AKT、FGFR1/2 等多个靶点的共价化合物筛选方法，并以 AMG510 与 GDP-KRAS G12C 的共价结合作为验证案例，从完整蛋白和肽段两个水平研究结合占有率与位点，日处理样本量可达约 200 个。

ASMS：上万化合物的"海选"与分子胶发现

平台的另一支柱是亲和力质谱法（ASMS）。它的思路很巧妙：让活性小分子与靶蛋白在均相溶液中自由结合，再通过体积排阻色谱把"结合态"与"游离态"小分子分开，后用高分辨质谱鉴定出那些真正结合的小分子。整个过程无需标记、无需固化靶点，适用于几乎所有的水溶性靶点——无论是单体蛋白、复合体蛋白还是 RNA。

这一特性的价值在早期筛选阶段被无限放大：ASMS 一次可以同时分析几千甚至上万种化合物，堪称分子层面的"海选"。它既服务于传统的药物分子高通量筛选，也延伸到了两个新兴方向——分子胶药物的发现，以及靶向膜蛋白的药物发现。配合爱思益普 1000+ 高质量自研靶标蛋白（每年新增超 500 个新靶点蛋白的研发能力），从试剂到筛选的链条被极大压缩。当研发者需要在成千上万个候选里找到那个"真正结合"的分子，质谱给出的，是一份看得见、可追溯的确切答案。